研究基地的管理体制是协调委员会领导下的基地主任负责制，另设立副主任2名。按照研究方向，下设5个专业研究团队。在基地管理中，成立有办公室，聘请专职管理人员和秘书，专门负责基地日常管理与协调。
    为了实现基地的规范化、制度化管理，研究基地相继出台了《国家知识产权战略实施研究基地管理办法》、《管理办法实施细则》、《科研激励机制》、《研究基地财务管理办法》等一系列规章制度，从而制度化推进研究基地的发展建设；研究基地与各研究成员分别签订聘用协议书，进一步规范研究基地的团队建设与财务管理，为全面提高研究水平和创新实力、促进标志性研究成果的不断增加奠定更扎实的制度基础。在硬件建设中，基地拥有办公用房、多媒体会议室、图书资料室等200多平米，图书资料2000余册，各种办公设备齐全。此外，研究基地购买和开通了Derwent数据库、Thomson Innovation专利数据库、Innography等数据库资源，能够为研究基地的科学研究提供很好的数据支撑。